В общем перерыла пол интернета в поисках решений как группой удалить файлы со слишком длинными именами. Уже и через консоль и создание виртуального диска пробовала, и в тотал коммандере меняла разные настройки, 10 раз успела проматериться на свою ОС и то, что не использовала bower для избежания создания дублированных поддиректорий для модулей. Решение оказалось довольно простым - при архивировании папки есть такой пункт - удалить файлы после архивации. Именно это и сработало.